تاریخچه جرم سیاسی درازایی به قدمت تاریخ حکومت و کشورداری دارد و گستره دنیای متمدن را می توان قلمروی این تاریخچه دانست. در ایران بحث جرم سیاسی از دوره مشروطیت به صورت جدی مطرح بوده است اما نبود تعریف درست قانونی برای جرایمی که نه حالت عمومی دارند نه امنیتی همواره دغدغه فعالان سیاسی بوده است. پس از پیروزی انقلاب اسلامی اصل 168 قانون اساسی به مقوله جرم سیاسی، تعریف و شرط های وقوع آن و همچنین نحوه انتخاب و اختیارهای هیات منصفه طبق موازین اسلامی اشاره می کند.
حقوقدانان و جرم شناسان نیز با توجه به استنباط از اشاره های این قانون کلی مقوله جرم سیاسی به طور خاص و جرم عمومی به طور عام را به 2 نوع «عینی» و «ذهنی» طبقه بندی می کنند و بر این اساس ملاک جرم سیاسی از نوع عینی را نتیجه ای عنوان می کنند که از جرم باقی می ماند. اگر جرم انجام شده به ارکان حاکمیت و نظام و آزادی های جامعه لطمه وارد آورد، جزو جرایم سیاسی است. طبق اعتقاد برخی از حقوقدانان، جرم سیاسی آن است که در عمل موجب ایجاد ضرر و لطمه برای حکومت شود، هر چند که در آن قصد سیاسی نباشد. بر اساس این نظریه، در تحقق جرم سیاسی کافی است که امر سیاسی بر آن بار شود. (1)
اگر در تعریف و مجازات جرم سیاسی تنها ملاک شخص و فرد باشد و نه جرم و پیامدهای آن، نوع جرم سیاسی ذهنی است و در آن انگیزه سیاسی مجرم به قصد لطمه زدن به نظام قطعی و محرز است حتی اگر طبیعت عمل مجرم از جرایمی نباشد که به طورمعمول جرم سیاسی نامیده می شوند. این نوع تعریف از جرم سیاسی (تعریف ذهنی شخص محور) که ملاک محاکمه در چند سال اخیر قرار گرفته است از این جهت که بسیاری از جرایم عادی یا جرایم مرکب یا مرتبط با جرم سیاسی را در محدوده این گونه جرم قرار می دهد و مرتکبان آن را به ناحق از مزایا و چالش های مجرمان سیاسی برخوردار می کند، همواره مورد انتقاد بوده است.
بر اساس همین تعریف ها است که برخی سیاستمداران و حقوقدانان مقوله «بغی» را به عنوان تنها مصداق جرم سیاسی می شناسند. این در حالی است که برخی دیگر بغی را مبارزه مسلحانه با نظام سیاسی می دانند. اختلاف نظرها درباره تعریف ها، مصداق ها و حتی مجازات جرم سیاسی و نیز تعارض و تناقض های ناشی از نبود تعریف درست آن موجب سردرگمی فعالان سیاسی و حقوقی و نیز محاکم قضایی شده است. از سوی دیگر بدون نگاه درست به قانون جرم سیاسی برخی جرایم سیاسی در زمره جرایم امنیتی دسته بندی شده و مجرم را گرفتار مجازات های جرایم امنیتی می کند. این سردر گمی ها در کنار نبود رابطه درست بین جرم و مجازات نگاه شفاف تر قانون به مقوله جرم سیاسی را ضروری تر از گذشته می سازد.
هرچند در طول 37 سال گذشته پرداختن به این نوع جرایم با اما و اگرهای فراوانی روبرو بوده است اما جدی ترین تلاش ها برای قانونمند کردن مقوله جرم سیاسی به سال 1380 یعنی دوره دولت هفتم باز می گردد که با تقدیم لایحه ای به مجلس سعی در شفاف سازی قانون جرم سیاسی کرد؛ لایحه ای که در مجلس با ایرادهای فراوان روبرو و سرانجام مسکوت گذاشته شد. 
با گذشت بیش از یک دهه از آن تلاش بی سرانجام، تلنگر «حسن روحانی» به عنوان رییس دولت یازدهم به مجلس برای ضرورت تعریف دقیق جرم سیاسی، مجلس نهم را در ایستگاه آخر فعالیت خود واداشت تا کلیات طرح جرم سیاسی را به تصویب برساند. مجلس ایران روز یکشنبه چهارم بهمن ماه 1394سه ماده از طرح شش ماده ای جرم سیاسی و مصادیق آن را تصویب کرد. کلیات این طرح که در کمیسیون قضایی مجلس تهیه شده، روز دوشنبه 29 دی ماه به تصویب مجلس رسید.
در ماده یک این طرح آمده است: هرگاه رفتاری با انگیزه نقد عملکرد حاکمیت یا کسب یا حفظ قدرت واقع شود، بدون آنکه مرتکب قصد ضربه زدن به اصول و چارچوب بنیادین نظام جمهوری اسلامی را داشته باشد، جرم سیاسی محسوب می شود.
در ماده دوم طرح، جرایمی که در صورت انطباق با شرایط مقرر در ماده یک این قانون جرم سیاسی محسوب می شوند، عبارتند از: 
الف- توهین یا افترا به رییسان سه قوه، رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام، معاونان رییس جمهوری، وزیران، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، نمایندگان مجلس خبرگان و اعضای شورای نگهبان به واسطه مسوولیت آنان. 
ب- توهین به رییس یا نماینده سیاسی دولت خارجی که در قلمرو ایران وارد شده است با رعایت مفاد ماده 517 قانون مجازات اسلامی بخش تعزیرات.
پ- جرایم مندرج در بندهای د و ه ماده 16 قانون فعالیت احزاب مصوب 1360. 
ت- جرایم مقرر در قوانین انتخابات خبرگان رهبری، ریاست جمهوری، مجلس شورای اسلامی و شورای اسلامی شهر و روستا به استثنای مجریان و ناظران انتخابات. 
ث- نشر اکاذیب.
موافقان طرح مجلس، نفس تصویب قانون جرم سیاسی را به لحاظ روشن و عینی تر شدن زوایای اصل 168 گامی مثبت ارزیابی می کنند. دولت هم به عنوان مجری قانون از پرداختن به مقوله جرم سیاسی استقبال کرده اما طرح تصویبی را جامع و کامل ندانسته است. هرچند باید اذعان داشت که تعریف جرم سیاسی با توجه به ماهیت آن و فضای سیاسی کشور ایران کار دشواری به نظر می رسد اما طرح تصویبی مجلس نیز انتقادهای فراوانی در پی داشته است. برخی حقوقدانان، تعریف جرم سیاسی و بندهای مختلف این طرح را با برخی از اصول مردمسالاری در تضاد اعلام کرده اند و برخی دیگر همپوشانی های مبهم این طرح با قوانین و تبصره های قانون مجازات اسلامی را ایراد آن عنوان کرده اند. 
در این پیوند، ماده نخست طرح محل یکی از ایرادهای منتقدان است. ماده اول این طرح نقد حاکمیت و تلاش برای کسب قدرت را جرم تلقی می کند در حالی که در تمام نظام های مردمسالار جهان نقد عملکرد حاکمیت جزو حقوق اساسی مردم و در راستای تعالی نظام و کشور عنوان می شود. طبق این قانون، نقد حاکمیت اگر به قصد براندازی باشد جزو جرایم امنیتی است اما اگر به قصد براندازی نباشد جزو جرایم سیاسی محسوب می شود. با تصویب این طرح و قانونی شدن آن در عمل راه انتقاد از دولتمردان بسته می شود که این مساله به یقین در درازمدت، هم جامعه و هم حاکمیت را با آسیب جدی روبرو می کند.
در بند دیگر این طرح تلاش برای کسب و حفظ قدرت بدون ضربه زدن به نظام جرم سیاسی عنوان شده است. مقوله کسب مشروع و حفظ قانونی قدرت در عرصه سیاست جزو بدیهی ترین امور این عرصه است و می توان گفت یکی از ارکان اصلی فعالیت سیاسی تلاش برای کسب و حفظ مشروع قدرت است. از نظر منتقدان اینکه چرا چنین تلاشی باید جرم تلقی شود پرسشی است که طراحان این طرح باید به آن پاسخ دهند.
واژه هایی کلی که دهها برداشت می توان از آنها داشت در قوانین کشور همواره مورد انتقاد بوده است که این نقص در طرح جرم سیاسی نیز به وضوح دیده می شود. در ماده اول این طرح واژگان «چارچوب» و «ضربه زدن» بار ابهامی دارد و برداشت های مختلفی می توان از این 2 کلمه داشت. از دید منتقدان، این مساله برای طرحی که قرار است قانون شود نقص بزرگی به شمار می رود. 
این طرح موضوع فصل دهم باب پنجم قانون مجازات اسلامی را که درباره جرایم مقام ها و ماموران دولتی است جرم سیاسی محسوب کرده است. به این ترتیب، فعالیت های زیر از این پس جزو جرایم سیاسی ماموران دولتی دسته بندی می شوند: سلب آزادی ها و حقوق اساسی مردم، اقدام برخلاف قانون اساسی به استناد امضای مجعول، هتک حرمت مراسلات و مخابرات و عدم استماع شکایت کسی که به طور غیرقانونی زندانی شده و نرساندن شکایت او به مقامات صالحه، صدور دستور بازداشت غیرقانونی، دخالت در امور قضایی، شکنجه متهم برای گرفتن اقرار و هتک حرمت منازل. 
طبق طرح مصوب مجلس، ماده 498، 500، 508 و 288 قانون مجازات اسلامی که درباره جرایم حد و جرایم امنیتی علیه کشور است دیگر جرم سیاسی به شمار نمی رود و مواردی از قبیل عضویت و فعالیت در جمعیت ها بدون خشونت، تبلیغ علیه نظام، همکاری با دولت های متخاصم در حدی که محاربه نباشد و حتی مفهوم بَغی، که جرمی سیاسی است جرم امنیتی خواهد بود.
به گفته مخالفان طرح، این ایرادهای کلی که نوعی پسرفت و بازگشت به عقب نسبت به طرح سال 1380 تلقی می شود، در صورت تصویب در شورای نگهبان ممکن است موجب یاس و دلسردی فعالان حقوقی و سیاسی ایران شود و فضای نقد در جامعه را ببندد. به بیان دیگر، تنگی این عرصه برای جامعه ایران که در حال تجربه مردمسالاری است ممکن است پیامدهای منفی به دنبال داشته باشد.